有一天，小学六年级的进藤光在爷爷家的仓库里，找到一个古老的棋盘。而隐藏在其中的血痕竟然只有他看得见。就在阿光碰到棋盘的瞬间，寄宿在棋盘上的平安时代的天才棋士——藤原佐为的灵魂潜入阿光的意识里。原来那个棋盘是平安时代的棋士．藤原佐为灵魂所暂居的地方，而佐为为了追求「神之一招」的围棋技艺，魂魄始终不肯离开棋盘，为的是寻找能与他共鸣的人。 　　他的愿望曾经一度在本因坊秀策身上达成，可惜秀策英年早逝，来不及达到佐为所追求的完美境界，直至遇到小光后，两人的因缘结合，开始了小光的围棋生涯。在偶然的情况下，小光遇到了他生命中的宿敌——塔矢亮。在佐为的指导与小亮的刺激之下，小光也渐渐的喜欢上围棋并且棋艺也日渐精进。 　　而小亮先是见识到小光（其实是佐为）的棋艺而头一次尝试到戒慎恐惧之感，后却在看过真正的小光的实力后，对小光失望至极。而后发誓不让进藤光追上！而《棋魂》，就是主角进藤光+藤原佐为与塔矢亮在互相的影响与激励下，一起成长！ 　　而阿光在遇到衷心喜欢围棋的佐为，以及拥有著名人父亲的天才少年——塔矢亮后，便开始对围棋有了兴趣。 　　上了国中以后，加入了围棋社，并且有机会参加全国大赛，更让阿光开始认真地看待围棋。进步神速的他，为了更上一层楼，决定退出围棋社去参加院生考试。后来阿光顺利通过院生考试，并与和谷、伊角、越智等同年纪的劲敌互相砥砺之后，棋力又有了惊人的成长。不过，一开始面对职业棋士考试，阿光因为缺乏经验，陷入苦战，好不容易才通过预赛。为了克服自己的缺点，他开始在各碁会所进行特训、累积信心，最后终于顺利通过职业棋士考试，与被他视为目标的塔矢亮站上同一个舞台。在老手云集的围棋界，肩负创造新时候使命的阿光，正一步一个脚印地开始往前迈进。 　　光通过了职业考试，终于和亮一样，成为了职业棋手，但是他的战绩有多次都不战而败．亮很关心光的实力，但总是死鸭子嘴不承认，导致二人总是在讨论棋局时大吵大闹． 　　某天，光从棋院那里得到了北斗杯的消息，而限制为18岁以下的杰出少年，光兴致勃勃的找亮，邀他一起参加预选赛，并想与亮在预选塞中分出高下．但是亮却告诉光，他已经是北斗杯的选手了．．．．． 　　接着而来的是伊角的新初段赛，依角对桑原． 　　光本来和和谷等人约好一起观看比赛，但在路上遇上了曾被”光”（佐为）杀得惨败的门协（与伊角出于同一界的新出段选手，伊角全胜，门协一败），光为检测自己与佐为的差距，向门协发出了挑战．．．．．． 　　本田在北斗杯前夕，在家里与一名叫社的人进行了一场对局，而社的第一手竟然是”天元”．．．．．． 　　在北斗杯的预赛，本田与光站在了一起，出于对围棋的研究学习，本田对光施展了从社那学来的招数，但在光眼力，本田还不具有发挥这步棋威力的势力．．．．． 　　光从本田口中得知了社这一人，社不同于常人的下棋手法将光深深的吸引住了，而社也在光的第二场比赛中，得知了光决不简单．．．．． 　　终于在决赛的时候，二人见面了，北斗杯的名额只有两个，而在他们之中只能诞生一个，究竟是谁能获得出赛权呢？等待他们的将是一场不寻常的恶战．．．．